작성일 : 13-11-25 12:49
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[법인세/정부출연금/중]국고보조금 과세특례 검토의견(영통1/이성규)
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글쓴이 :
이성규
 조회 : 4,760
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■ 요지
정부출연금(국고보조금)에 대한 법인세 과세이연은 조특법과 법인세법에서 2원화되어 있으며, 조특법은 열거된 국고보조금만 과세특례 적용되는 반면에 법인세법은 보조금관리법에 근거한 국고보조금 수령하였을 경우 모두 과세특례 적용되고 있음
현행 대부분의 국고보조금은 보조금관리법에 근거하고 있으므로 이 건 “환경기술 및 환경산업지원법”에 근거한 국고보조금으로 연구용 기계장비 또는 개발비로 사용한다면 법인세법에 정한 요건을 충족하는 것으로 볼 수 있어 과세특례 적용 가능한 것으로 판단됨
1. 현황
▶ 연구개발 총괄주관기관인 ○○연구소(질의자)는 한국○○산업기술원과 “환경기술개발사업 협약서(국책연구개발과제)”를 체결하여 “○○의 바이오에너지 및 퇴비화 기술”을 연구개발하기로 하고 정부출연금(국고보조금) ○○억원을 수령하였으며, 이 금액 중에 세부주관기관 ○○대학교산학협력단에 ○억원을 지급하고 201×년 기말현재 ○억원을 보유하고 있음
▶ 정부출연금은 환경부의 “환경기술 및 환경산업지원법”에 근거하여 수령하였으며 이 출연금은 보조금관리에 관한 법률에 근거한 국고(정부)보조금에 해당함(근거법 : 보조금관리에 관한 법률 → 국가재정법 → 환경정책기본법 → 환경기술및환경산업지원법)
2. 쟁점사항
▶ 정부출연금 잔액 ○억원에 대하여 201×년 귀속 법인세신고시 처리방법
- 1안 : 과세유예(국고보조금 수령시 과세하지 아니하고, 사용시 수익과 비용을 계상하여 법인세 영향없음)
- 2안 : 과세(국고보조금 수령시 법인세를 먼저 과세하고, 사용시점에 환급하는 방법)
3 검토의견
1) 조세특례제한법 특례적용 가능여부 판단
▶ 조세특례제한법에서는 열거된 법률에 따라 수령하는 국고보조금에 대해서만 과세유예 혜택을 주게 되어 있으므로 이 건은 특례규정을 적용할 수 없음
2) 법인세법 과세유예 가능여부 판단
▶ 한국환경산업기술원과 체결한 “환경기술개발사업 협약서”를 이행하는데 있어서 국고보조금은 연구개발에 소요되는 비용에 의무적으로 사용하며, 개발기간은 201×.11.1~201×.9.30(11개월)로 되어 있어 수령한 국고보조금은 201×년에 전부 사용할 것으로 예측됨
▶ 또한 협약서 제14조(연구시설장비의 등록관리)에 3천만원이상 장비를 취득할 경우 국가과학기술정보시스템에 등록하도록 규정하고 있어 국고보조금은 인건비등 경비지출 또는 연구장비 구매하는데 사용될 것으로 판단됨
▶ 법인세법에서는 보조금관리에 관한 법률에 따라 국고보조금을 수령하여 다음 사업연도 말까지 사업용자산을 취득할 경우 과세유예를 하고, 사업용자산에는 기계장비 뿐만 아니라 개발비(무형자산)도 이에 포함된다고 해석하고 있음
▶ 회사는 보조금관리법에 근거하여 국고보조금을 수령하였으므로 201×년도말까지 연구용 기계장비 또는 개발비로 사용한다면 법인세법에 정한 요건을 충족하는 것으로 볼 수 있을 것임
▶ 따라서 201×년 법인세신고서에 “국고보조금 등 상당액 손금산입명세서”와 “국고보조금 등 사용계획서”를 세무서에 제출하고 지출비용을 기계장비 및 개발비로 회계처리를 한 후에 감가상각을 통하여 비용화 한다면 과세유예를 적용받을 수 있을 것으로 판단되며, 수령한 국고보조금은 영업외수익이 아닌 자산차감계정으로 처리하는 것이 타당하다고 판단됨.
4. 관계법령
1) 조세특례제한법 제10조의2(연구개발출연금 등의 과세특례)
▶ 열거된 특정 법률에 따라 출연금을 받는 경우 익금불산입하여 과세하지 아니함(아래 열거법)
․ 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률(舊 기술개발촉진법)
․ 산업기술혁신촉진법
․ 정보통신산업진흥법
․ 중소기업기술혁신촉진법
․ 부품․소재전문기업등의 육성 특별법, 대덕연구개발특구 육성 특별법, 기초과학연구진흥법
2) 법인세법 제36조(국고보조금 등으로 취득한 사업용자산가액의 손금산입)
▶ 원칙적으로 국고보조금 수령하였을 경우 수령시점에 법인세를 과세하는 것이나 일시에 과세할 경우 과도한 법인세부담이 발생하므로 이를 방지하기 위하여 일정기간 과세를 유예하는 제도
▶ 과세유예를 받으려면 보조금관리에 관한 법률 등에 따라 수령한 국고보조금으로 사업용자산을 취득하거나 또는 먼저 사업용 자산을 취득하고 이에 대한 국고보조금 등을 사후에 지급받은 경우 과세유예 가능함
▶ 또한 국고보조금을 수령한 당해연도에 사업용자산을 취득하지 못하였을 경우 다음연도 말 이내에 취득하면 과세유예를 인정하며, 사업용자산 취득에 사용하지 못한 국고보조금은 해당사유가 발생한 사업연도에 익금산입하여 법인세 과세
■ 개발비로 지출한 경우
개발비가 이연자산에 속하던 시기에 지출한 경우에는 사업용 자산의 취득으로 보지 아니하였었으나(법인 46012－269, 1997.1.28.) 무형자산에 속하게 된 이후에 지출한 경우에는 손금산입규정을 적용하도록 함(서이 46012－10700, 2003.4.3.).
▶ 사업용자산 : 사업용고정자산(개발장비, 시험기기 등 유형자산)과 석유류를 말하며 국세청 예규에서는 무형자산인 개발비도 사업용자산의 범위에 포함됨
▶ 국고보조금 지급받은 사업연도에 국고보조금 등을 손금에 산입하고자 하는 법인은 해당사업연도 법인세신고서에 “국고보조금 등 상당액 손금산입명세서(별지35호 서식)”와 사업용자산을 취득하고자 하는 금액에 대하여 “국고보조금 등 사용계획서(별지36호 서식)”를 제출해야함.
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